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青藏高原湖泊湿地土壤细菌群落的空间分布格局数据集

 

该数据集由中科院土壤所褚海燕研究员团队提供,包含2020年7月采集的青藏高原地区二十个典型湖泊湿地土壤细菌扩增子的测序数据。数据样点主要集中在藏南和中北线沿线,平均海拔超过4000 m,主要包括:羊卓雍措、普莫雍错、玛旁雍错、拉昂错、班公错、错呐错、仁青休布错、昂拉仁错、扎布耶茶卡北湖、扎布耶茶卡南湖、达瓦错、扎日南木措、当惹雍错、当穹错、达则错、恰规错、色林错、巴木错、崩错、纳木错。每个样点包含5个采样小区,每个小区间隔至少一公里,每个小区内包含两个土壤样品,每个土壤样品至少由7份随机土壤混匀组成。

获得测序数据的主要流程为使用Power Soil DNA试剂盒提取和纯化每个样品的土壤总DNA,然后使用Ultra Clean DNA纯化试剂盒,并保存在-40℃。用Nano Drop ND-1000分光光度计对DNA浓度进行量化,用蒸馏水将DNA稀释到大约25 ng/μl,并储存在-20℃。使用通用引物组515F/907R结合primer和barcode扩增V4高变异区。每个样品在50μl的反应中共三个重复,在适当的条件下进行扩增,并在Illumina MiSeq的2×150bp进行测序。

上传的数据包括:样品编号(chuhyWET16S*);样品名称(TB+湖泊+序号);样品标题;实验编号;采样时间;采样位置;样品类型;样品照片;照片存放路径;采样人;样品描述;测序目标;测序片段;测序引物;测序平台;测序公司;数据格式;数据附件;数据以序列文件数据格式正向 *.1.fq和反向 *.2.fq储存

详细信息参见泛第三极环境数据中心:http://tp.lzu.edu.cn/node/dataSet/dataSet01.jsp