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青藏高原湖泊微生物16S rRNA基因扩增子数据集

 

该数据集由邢鹏团队提供,包含2019年07月18日至2019年08月05日在青藏高原采集的21个湖泊共63个水体和56个沉积物微生物扩增子测序数据。采样湖泊位于经度80°23.801'E~96°50.699'E,纬度28°08.951'N~34°35.258'N,海拔3868m~5060m之间,对湖泊设定点位的水体及沉积物样品进行采集。

通过聚合酶链式反应(PCR),采用515F/907R引物对16s rRNA基因进行扩增,并用Illumina Hiseq2500测序平台测序获得原始数据。所选引物515F和907R的序列分别为:515F_GTGYCAGCMGCCGCGGTAA和907R_CCGYCAATTYMTTTRAGTTT。PCR扩增条件为:94 °C预变性5 min;94 °C变性30s,52 °C退火45s,72 °C延伸45s (32个循环);最后在72 °C下再延伸10 min。之后对原始数据进行预处理,包括采用Flash软件去除接头序列,将双端测序序列之间的overlap拼接成单条序列,过滤低质量序列,采用QIIME软件去除嵌合体等。使用序列聚类算法将相似度97%以上的序列聚类形成OTU,获得OTU_table。OTU代表序列通过与SILVA database (release_128)进行比对,获得系统发育分类信息。

配套发布的环境因子数据包括:取样时水体温度(℃),pH,总氮(mg/g),总磷(g/kg),NH4+(mg/g),NO3-(mg/g)和电导率(μS/cm)。温度(℃)、pH和电导率(μS/cm)使用YSI多参数水质测定仪于现场测定;总氮(mg/L)采用碱性过硫酸钾消解紫外分光光度法测定;总磷(mg/L)采用流动注射-钼酸铵分光光度法测定;NH4+(mg/L)和NO3-(mg/L)采用连续流动分析仪(SKARA)测定。

详细信息参见泛第三极环境数据中心:http://tp.lzu.edu.cn/node/dataSet/dataSet01.jsp